自建房只有房产证补办土地证的，如果是国有土地的，需要依法申请使用国有土地，向当地土地管理部门进行申请，由省、自治区、直辖市人民政府批准；如果是农村土地的，需要申请宅基地，向发包方进行申请，经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准。

根据《土地管理法》第七十六条规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。